開基　　　　　行基菩薩

開山以来、八十九年平城天皇の御代、大同二年（八〇七）　七間四面の伽藍と僧堂。

後醍醐天皇、延喜元年（九〇一）、慈覚大師　円仁の俗弟、智者高大夫円弘　伽藍再興、十八坊を擁す。現在の曼荼羅寺跡地。

円徳上人以降三代に渉り寺門興隆あって爾来修禅の道場になる。

深山「滝の沢」の地名は曼荼羅寺瀧場より起こったもので、瀧場安置の石像不動尊が不動堂内の御仏像（伝弘法大師御彫刻）

「現存　四天王像二体と十二神将像」
諸仏像はいずれも、平安時代藤原喜には、彫像されていて、それに見合う堂宇（八間四面）のものが建立されたとされる。

曽我五郎、十郎の末弟「御房丸、津師房」縁の護持仏、阿弥陀三尊（鎌倉時代初期の作、信州三阿弥陀仏）江戸初期に曼荼羅寺の廃絶、寛益寺に移される。
曽我禅師坊の墓は、旧本堂の裏手、法筐印塔のものがそれである。
「仁王像」
造像願主　「慈円坊海鑁」時の住職、別当慈久永眼　大旦那　棟粱之大工　藤原道閑
作者　　石見法橋慶尊（慶派仏師）http://www.city.nagaoka.niigata.jp/kankou/rekishi/jinjya/m-kanyakuji.html
開眼　　元年４月８日（１３９０年、）　北　は３月２６日に改元。
　　　　　　　　　　　元中７年　　　　　　南　　　室町時代
体内の墨書きには、吉河荘地頭　　梶原周防守外地元豪族、信徒命名、衆と18坊名が記されている。

「書写大般若経」
文明１６年（１４８４年、）後土御門天皇、将軍足利利義尚を中心に大般若経六百巻の書写が近燐寺院の僧、（龍蔵寺、法華寺、椿沢寺、曼荼羅寺、）夏戸城主志田氏の一族、志田掃部助源宗久などが、寛益寺の住僧達に協力して巻子本として成立させる。

上杉会津国替え後は、衰微し、高野山宝喜院より印信を受ける。
堂宇豪雪による大破を長岡藩主牧野駿河守忠成公及び奇信の官士の合力で復興。
（寛益寺は長岡藩主牧野駿河守忠成公の祈願時）

元禄１４年（１７０１年）仁王門大破、新材を補して再建。（現在の門、市指定文化財）

住職、阿闍梨高禅日萄幢、往古之姿の本堂再建発願。与板藩主牧野周防守康重公、用材大小六百本山内引き入れ寄信進の所、信州国替えで、宝寿院護摩堂六間四面伽藍奇進、薬師堂として建立。

正徳二年（１７１６年）山火事の類焼で全山被災
焼失建物　　薬師堂　寮舎　護摩所　　曼陀羅所　位牌所　方丈　庫裏　稲荷堂　物置　その他
残ったもの　　末寺一ヶ寺　当山鎮守山王権現（現逆谷神社　鳥居　鐘楼　仁王門）

復興　与板藩主　井伊兵部直矩公、用材大曳３０本門内引入れ奇進。
長岡藩主、牧野牧野駿河守忠成公、銀子７枚、人足５００人、大工１５人。
村、内外１０万人講中、奇進奉仕。
享保元年（１７１２年）八間四面の薬師堂落成（昭和３６年被災）

昭和３６年８月５日豪雨土砂崩れにて全山被災。（現在本堂は無く再建を願う。）

昭和４３年収蔵庫完成

昭和５３〜４年仁王門大修理

文化財指定
県指定　昭和２７年　　ご本尊薬師如来立像　多聞天像　増長天像　十二神将像1、2　仁王像
市指定　昭和４７年　　曽我禅師坊墓　　昭和５２年持国天像　広目天像　　　昭和５３年仁王門

秘仏薬師如来立像（薬師瑠璃光如来）　越後三薬師の一仏、